以下の 2つの改善案がありますので、お試しください。
なお、ご利用環境によっては改善が見られない場合があります。ご了承ください。

案1. ご利用の PC において、利用しないプリンターの削除を行ってください。
インストール済みのプリンターが少ないほど処理時間が短縮化されます。
具体的には、

Windows 7
「スタート」＞「デバイスとプリンター」＞利用しないプリンターを右クリック ＞ 
「デバイスの削除」＞「はい」

Windows XP
「スタート」＞「プリンタとFAX」＞利用しないプリンターを右クリック ＞ 
「削除」＞「はい」



案2. 作成したアプリでライブラリや CLF レイアウトファイルの事前読み込みを行ってください。
具体的には、以下の BeforePrintAppStart() を呼び出してください。

--[C#]--
    [System.Runtime.InteropServices.DllImport("kernel32", CharSet = System.Runtime.InteropServices.CharSet.Unicode, SetLastError = true)]
    extern static IntPtr LoadLibrary(string lpLibFileName);

    [System.Runtime.InteropServices.DllImport("kernel32", SetLastError = true)]
    extern static bool FreeLibrary(IntPtr hLibModule);

    private IntPtr[] pDLLs;
    private string[] libs = {
                        "AxInterop.QRMAKERADLib.dll",
                        "Citizen.LayoutUtilities.Common.dll",
                        "Citizen.LayoutUtilities.Printing.dll",
                        "GrapeSystems.Core.Common.dll",
                        "GrapeSystems.Core.Drawing.Fx20.dll",
                        "GrapeSystems.Core.Parts.dll",
                        "GrapeSystems.Core.Parts.Frames.dll",
                        "GrapeSystems.Library.BarcodeAd.dll",
                        "GrapeSystems.Library.Controls.dll",
                        "GrapeSystems.Library.Image.dll",
                        "Interop.QRMAKERADLib.dll",
                        "System.Drawing.dll",
                    };

    // LayoutPrintEngineのインスタンス
    private Citizen.LayoutUtilities.Printing.Controller clpc;

    // CLFファイルパス
    private const string CLF_FILE_PATH = "Layout1.CLF";

    /// <summary>
    /// 印刷アプリ開始前処理
    /// </summary>
    private void BeforePrintAppStart()
    {
        //
        loadLibrarys();
        //
        loadClfFile(CLF_FILE_PATH);
    }

    /// <summary>
    /// 印刷アプリ終了後処理
    /// </summary>
    private void AfterPrintAppExit()
    {
        //
        freeLibrarys();
    }

    /// <summary>
    /// 関連ライブラリのロード
    /// </summary>
    private int loadLibrarys()
    {
        int count = 0;

        if (libs == null) return count;

        pDLLs = new IntPtr[libs.Length];

        int index = 0;
        foreach (string lib in libs)
        {
            IntPtr ptr = pDLLs[index++] = LoadLibrary(lib);
            if (ptr != IntPtr.Zero)
            {
                count++;
            }
        }
        return count;
    }

    /// <summary>
    /// 関連ライブラリの開放
    /// </summary>
    private int freeLibrarys()
    {
        int count = 0;

        if (pDLLs == null) return count;

        int index = 0;
        foreach (IntPtr ptr in pDLLs)
        {
            if (ptr != IntPtr.Zero)
            {
                FreeLibrary(ptr);
                pDLLs[index] = IntPtr.Zero;
                count++;
            }
            index++;
        }
        return count;
    }

    /// <summary>
    /// CLF ファイルのダミーロード
    /// </summary>
    private int loadClfFile(string clfFile)
    {
        int result = -1;

        if (clpc == null)
        {
            clpc = new Citizen.LayoutUtilities.Printing.Controller();
        }

        result = clpc.Open(clfFile);
        if (result == 0)
        {
            clpc.BeginPrint();
            clpc.EndPrint();
            clpc.Close();
        }

        return result;
    }
--[C#]--